Spoločnosť INEKO v hodnotení Nemocnica roka 2016 sa pozrela aj na Záhorácku nemocnicu v Skalici. Tá skončila v hodnotení na konci rebríčka. Nemocnica v Malackách sa do hodnotenia nedostala, nakolko nespĺňala základné kritéria na hodnotenie.
Skalická nemocnica sa z 31 hodnotených nemocníc v kategórii všeobecné nemocnice umiestnila na 26. mieste. Na prvom mieste v kategórii skončili nemocnice z Nitry a Banskej Bystrice.
Ocenenie nemocníc inštitútom INEKO podľa vybraných ukazovateľov spokojnosti pacientov, kvality poskytovanej zdravotnej starostlivosti, hospodárenia a transparentnosti za obdobie 2012 – 2015. Hodnotené nemocnice museli prejsť kvalifikačnými kritériami komplexnosti (poskytovanie zdravotnej starostlivosti v základných odbornostiach) a dostatočnej veľkosti vzorky pri sledovaných ukazovateľoch. Posudzované bolo obdobie rokov 2012 až 2015, pričom so vzdialenejším rokom sa váha hodnôt ukazovateľov znižovala. Nemocnice boli pre účely hodnotenia rozdelené do dvoch kategórií, pričom každé kategória bola hodnotená samostatne.