Záhorské múzeum v Skalici patrí medzi najvýznamnejšie kultúrne inštitúcie regiónu Záhorie. Jeho korene siahajú už do druhej polovice 19. storočia, keď historik Frank Víťazoslav Sasinek začal so zberateľskou činnosťou v rokoch 1876–1881. Prvú verejnú zbierku ľudového umenia sprístupnili v Skalici v roku 1903, pričom kľúčovú úlohu zohral MUDr. Pavel Blaho a jeho spolupracovníci.
Výrazný posun nastal v roku 1905 otvorením tzv. Katolíckeho domu s priestormi pre múzeum. Inštitúcia sa stala prvým národne orientovaným múzeom na Slovensku, založeným súkromnou osobou. V nasledujúcich rokoch múzeum napomáhalo rozvoju slovenského národného povedomia a do roku 1914 ho navštívilo ročne 250–400 osôb.
Po období stagnácie počas prvej svetovej vojny a po smrti Dr. Pavla Blaha prevzala správu zbierok Gizela Blahová. V roku 1952 bolo múzeum zriadené ako Okresné vlastivedné múzeum a od roku 1965 nesie názov Záhorské múzeum. Jeho súčasným zriaďovateľom je Trnavský samosprávny kraj.
Múzeum dnes pokrýva okresy Skalica a Senica a dokumentuje vzťahy Záhoria s okolitými regiónmi. Okrem domácej spolupráce má aj kontakty so zahraničnými múzeami, najmä v susednej Morave a Rakúsku. Sídlo múzea sa nachádza v historickom Mittákovskom dome na skalickom námestí, ktorý bol pôvodne renesančnou rezidenciou významných rodov.
